Overeenkomstig artikel 4.2.9, § 2, eerste lid DABM (Decreet an 5 april 1995 houdende algemene bepalingen inzake het milieubeleid) dient de erkende MER-coördinator zijn opdracht in volledige onafhankelijkheid uit te oefenen. De erkende MER-coördinator mag geen belang hebben bij het voorgenomen plan of programma of de alternatieven, waarvoor een milieueffectenrapport wordt opgesteld, noch betrokken worden bij de latere uitvoering van het plan of programma.
De Raad van State bevestigde in zijn arrest van 21 september 2020, nr. 248.312, met betrekking tot de Oosterweelverbinding, dat die onafhankelijkheidsplicht ook in het kader van een overheidsopdracht doorwerkt. Artikel 66, § 1, tweede lid van de wet overheidsopdrachten van 17 juni 2016 bepaalt immers dat een inschrijver van de gunning van een overheidsopdracht kan of moet worden uitgesloten, indien die niet voldoet aan de verplichtingen op het vlak van milieu- sociaal of arbeidsrecht (verder gespecifieerd in artikel 7 van de wet), naargelang die verplichting ook strafrechtelijk beteugeld wordt.
Bij het niet naleven van de onahankelijkheidsplicht van de MER-coördinator, kan de betrokken inschrijving aldus worden geweerd.